O repositório Medibuntu para Intrepid Ibex não tem (ainda) o pacote ffmpeg com codecs como o h264 e o h263 habilitados. Assim sendo, temos que puxar a última versão tanto das bibliotecas do projeto x264 como do próprio ffmpeg para compilar.

Comece desinstalando x264, libx264-dev, e ffmpeg:
sudo aptitude remove x264 libx264-dev ffmpeg

Depois, instale o essencial pra compilar:
sudo aptitude install build-essential subversion git-core checkinstall libfaad-dev libfaac-dev liblame-dev libtheora-dev libmp3lame-dev

Instalando x264:
cd ~/
git clone git://git.videolan.org/x264.git
cd x264
./configure --prefix=/usr --enable-shared
make
sudo checkinstall
sudo ldconfig

Instalando ffmpeg:
svn checkout svn://svn.mplayerhq.hu/ffmpeg/trunk ffmpeg
cd ffmpeg
./configure --prefix=/usr --enable-gpl --enable-postproc --enable-pthreads --enable-libfaac --enable-libfaad --enable-libmp3lame --enable-libtheora --enable-libx264
make
sudo mkdir /usr/local/lib/pkgconfig
sudo mkdir /usr/include/libavdevice
sudo mkdir /usr/include/libavformat
sudo mkdir /usr/include/libavcodec
sudo mkdir /usr/include/libavutil
sudo mkdir /usr/include/libpostproc
sudo mkdir /usr/lib/vhook
sudo checkinstall

Travando os pacotes para eles nao serem substituidos:
sudo aptitude hold x264 ffmpeg
Se você usa o Synaptic:
Sistema -> Administração -> Gerenciador de Pacotes Synaptic -> Escolha o pacote x264 -> Pacote -> Prender Versão

E quando você quiser atualizar para as novas versões estáveis do ffmpeg e do x264?
sudo aptitude purge ffmpeg x264
cd ~/x264
make distclean
git pull
./configure --prefix=/usr
make
sudo checkinstall
sudo ldconfig
cd ~/ffmpeg
make distclean
svn update
./configure --prefix=/usr --enable-gpl --enable-postproc --enable-pthreads --enable-libfaac --enable-libfaad --enable-libmp3lame --enable-libtheora --enable-libx264
make
sudo checkinstall

E se quiser reverter as mudanças que fez usando esse tutorial?
sudo aptitude purge x264 ffmpeg build-essential yasm subversion git-core checkinstall libfaad-dev libfaac-dev libmp3lame-dev libtheora-dev

Divertido, não?